Su oficio fue el de escultor, también denominado como "maestro de hacer imágenes" o como entallador que por misión tenía el hacer los elementos decorativos de fachadas, portadas o retablos, así también se dedicó a la construcción y al montaje de la arquitectura de los retablos a quienes se les llamaba ensamblador y como prueba de su oficio de arquitectura se sabe que realizó en el año 1565, en Valladolid, el Arco para recibir a la reina Isabel de Valois, conservándose aún el diseño de dicha obra.
Juan de Juni se formó en Francia y en Italia, de donde fue llamado por el obispo Pedro Álvarez de Acosta que era portugués, para construir el palacio episcopal de Oporto; después viajó a España hacia 1533, donde trabajó en León y participó en la realización de la decoración escultórica de la fachada del edificio de San Marcos con los relieves del Descendimiento y en la parte alta el de la Resurrección así como en el claustro con el altorrelieve del Nacimiento de Cristo realizado en piedra, también intervino en la obra de la sillería del coro. Se sabe que en el año 1537 estaba modelando unas figuras en barro cocido y policromado para la iglesia de San Francisco de Medina de Rioseco.
En 1540 recibió por parte del obispo de Mondoñedo fray Antonio de Guevara el importante encargo de ejecutar para su sepulcro del Convento de San Francisco de Valladolid, El Entierro de Cristo; antes había pasado por Salamanca para ejecutar el sepulcro del arcediano Gutierre de Castro (existente en la catedral vieja); fue durante su estancia en esta ciudad cuando enfermó e hizo la redacción de su testamento el 26 de octubre de 1540 pero una vez superada la enfermedad se trasladó a Valladolid, para trabajar en el encargo descrito aquí arriba.
En 1545 los canónigos y parroquianos de la iglesia de Santa María de La Antigua le encargaron el retablo mayor que a pesar del largo pleito que sostuvo con el discípulo de Berruguete, Francisco Giralte, finalmente fue realizado y terminado por él. Su fama se fue extendiendo y no le faltaron los encargos ni clientela selecta: la Orden de Santiago para la sillería del coro de San Marcos de León; Pedro Álvarez de Acosta que entre otras obras le encargó el retablo mayor de la catedral de Burgo de Osma; para el obispo de Zamora, Antonio del Águila y Paz, su sepulcro en Ciudad Rodrigo.
A partir de 1577 y por razones de salud fue delegando en su hijo Isaac las funciones del oficio y administración de bienes
Dictó su nuevo testamento el 8 de abril de 1577, y cumpliéndose su voluntad recibió sepultura en la iglesia del convento de Santa Catalina de Siena en Valladolid. En el convento hay un libro titulado Inscripciones de las lápidas que se conservan en el pavimento de la iglesia, debajo del entarimado en el cual, entre otros, menciona como enterrados a varios familiares de Juni y a él mismo fallecido entre el 9 y el 17 de abril de 1577.
- Obra:
1535: Trabaja en los relieves del Hospital de San Marcos de León.
1537: Realiza los grupos en barro cocido policromado para la iglesia de San Francisco de Medina de Rioseco (Valladolid).
1540: Realiza en Salamanca el sepulcro del Arcediano Gutierre de Castro.
1541: Realiza el grupo “El Entierro de Cristo” para el Convento de San Francisco de Valladolid.
1545: Firma el contrato del retablo de la iglesia de la Antigua de Valladolid (hoy en el altar mayor de la Catedral)
1550: Contrata el Retablo Mayor de la Catedral del Burgo de Osma (Soria).
1551: Concierta con Inocencio Berruguete el retablo de San Juan Bautista del Convento de San Benito de Valladolid.
1557: Concierta el retablo de la capilla de los Benevente de la iglesia de Santa María de Medina de Rioseco (Valladolid).
1567: Concierta la escultura del retablo de la capilla de los Alderete de Tordesillas.
1573: Contrata el retablo Mayor de la iglesia de Santa María de Medina de Rioseco montando un taller en la misma localidad.
- Obra para las cofradías de Valladolid:
Posterior al año 1561: Realiza la escultura de la “Virgen de las Angustias” para la cofradía del mismo nombre.